Việc đánh lui hai cuộc xâm lăng của quân Mông Cổ là những sự kiện quan trọng trong lịch sử Nhật Bản. Quan hệ Nhật Bản với Trung Quốc đã chấm dứt từ giữa thế kỷ 9 sau sự sụp đổ của nhà Hậu Đường Trung Quốc và sự hướng nội của triều đình Heian. Vài mối liên hệ thương mại vẫn được duy trì với nhà Nam Tống trong các thế kỷ sau, nhưng hải tặc Nhật Bản khiến cho đại dương trở nên nguy hiểm. Vào thời kỳ mà Mạc phủ không mấy quan tâm đến vấn đề đối ngoại và lờ đi các mối liên hệ từ Trung Quốc và Cao Ly, tin tức đến từ năm 1268 về việc nhà Nguyên đã lên ngôi ở Bắc Kinh. Lãnh tụ của nó, Kublai Khan, yêu cầu Nhật Bản nộp cống phẩm cho nhà Nguyên và đe dọa trả đũa nếu họ không thực hiện. Không quen với những mối đe dọa kiểu như vậy, Kyoto tuyên cáo về nguồn gốc thần thánh của Nhật Bản và từ chối yêu cầu của Mông Cổ, đuổi người đưa tin Triều Tiên, và bắt đầu chuẩn bị phòng thủ.

Sau những lời khẩn nài hơn nữa vẫn không thành công, cuộc xâm lăng đầu tiên của người Mông Cổ diễn ra năm 1274. Hơn 600 tàu chở quân đội có cả người Mông Cổ, người Trung Quốc và người Triều Tiên với 23.000 quân được trang bị máy bắn đá, tên lửa và cung tên. Trong chiến đấu, các chiến binh hợp thành nhóm gần đội hình kỵ binh chống lại các samurai, những người vốn đã quen với những trận chiến một chọi một. Quân đội địa phương Nhật Bản Hakata, phía Bắc đảo Kyūshū, chống lại lực lượng đổ bổ vượt trội, tuy vậy, chỉ sau một ngày chiến đấu đã bị mất đến chín phần mười vì một cơn bão bất ngờ. Kublai nhận ra rằng tự nhiên, không phải trình độ quân sự, là lý do cho thất bại của quân đội ông, và năm 1281, ông tiến hành một cuộc xâm lược lần thứ hai. 7 tuần giao tranh diễn ra ở phía Tây Bắc đảo Kyūshū trước khi một cơn bão khác tấn công, một lần nữa hủy diệt hạm đội Mông Cổ.

Mặc dù các tu sỹ Shinto gán hai lần đánh bại quân Mông Cổ là nhờ kamikaze (thần phong), dấu hiệu cho sự bảo trợ đặc biệt của trời với nước Nhật, cuộc xâm lăng cũng để lại một ấn tượng sâu sắc với các lãnh đạo Mạc phủ. Mối đe dọa lâu dài của Trung Quốc với Nhật Bản được củng cố. Tuy vậy, chiến thắng của người Nhật mang đến cho các chiến binh cảm giác chiến đấu mạnh hơn vẫn còn trong người lính Nhật cho đến năm 1945. Chiến thắng cũng thuyết phục các chiến binh về giá trị của thể chế Mạc phủ với chính quyền.

Chiến tranh với Mông Cổ là sự tổn hại với nền kinh tế, các loại thuế mới được thu thêm để duy trì việc chuẩn bị phòng thủ cho tương lai. Hai cuộc xâm lăng cũng gây ra sự bất mãn trong những người hy vọng được ban thưởng vì trợ giúp của họ trong việc đánh bại quân Mông Cổ. Tuy vậy, không có đất đai hay tặng phẩm nào được ban thưởng, và sự bất mãn như thế, kết hợp với sự mở rộng quá mức và gia tăng chi phí phòng thủ, dẫn đến sự suy sụp của Mạc phủ Kamakura. Thêm vào đó, những người thừa kế đã chia nhỏ tài sản của gia đình, và các địa chủ ngày càng phải dựa vào những người cho vạy. Các nhóm ronin lưu động càng đe dọa hơn nữa sự ổn định của Mạc phủ.